短肠综合征的治疗基于调整食物和营养补充剂，以弥补肠道缺失部分引起的维生素和矿物质吸收减少，从而使患者不会营养不良或脱水。 要使肠道完全恢复以正常吸收营养，控制体重下降可能需要长达3年的时间。
但是，此综合征的严重程度取决于已被切除的肠部分，该部分可能是大肠或小肠的一部分以及肠的切除量。
通常，最容易吸收不良的营养素是维生素A，D，E，K，B12和矿物质，例如钙，叶酸，锌或铁。 因此，患者首先要直接通过静脉补充营养，目的是预防和治疗诸如发育迟缓的问题，例如儿童贫血； 出血和瘀伤； 骨质疏松症 肌肉疼痛和无力； 心力衰竭 甚至脱水都会危及病人的生命。
根据缺少的肠部分最重要的营养素
营养不良吸收取决于受影响的部分，包括：
- 空肠 -钙，铁，镁，蛋白质，碳水化合物和脂肪； 回肠 -维生素B12; 冒号 -水，矿物质盐和短链脂肪酸；
在某些情况下，为了弥补营养的不足，可能需要进行小肠移植以治愈肠功能衰竭并避免终生依赖肠胃外的全部营养。 。
从手术中恢复的食物
通常，在手术后的前5天内，通过称为“全肠外营养”的静脉来维持食物，以使肠在休息时可以自愈。 此后，当腹泻次数减少时，也开始进行管饲，以缓慢刺激胃和肠蠕动，减少通过静脉的食物量，持续约2个月。
在恢复大约2个月之后，在大多数情况下，患者已经可以通过每天最多六次进餐来通过嘴喂食。 但是，要维持通过鼻胃管的喂养，以确保摄入热量和营养以维持并恢复营养状态，直到患者不用管就可以进食为止，此过程可能需要1-3年。
但是，在某些情况下，患者有可能会依赖肠胃外营养和营养补充来度过余生，例如避免营养不良和贫血等问题。
可以通过大切开腹部或剖腹手术从手术中恢复部分肠的恢复，这可能需要2到6个小时，而且患者可能必须住院治疗，恢复期可能会至少在10天到1个月之间变化。 这种类型的手术非常危险，因为肠道中有许多细菌会引起严重的感染，而且如果患者是儿童或老人，甚至会变得更加脆弱。
